Negara kepulauan memiliki kelebihan salah satunya garis pantai yang panjang dan sumber daya alam melimpah. Sebaliknya, negara kepulauan juga memiliki permasalahan / kekurangan berikut.
- Koordinasi pemerintah pusat (Jakarta) dan pemerintah daerah (provinsi atau kabupaten/kota) berjalan kurang optimal karena terpisah oleh lautan.
- Terjadi konflik batas wilayah dengan negara negara tetangga, terutama di wilayah yang batasnya belum jelas.
- Terjadi ketimpangan kesejahteraan penduduk Indonesia dengan penduduk negara tetangga di perbatasan.